L’ex Chiesa di San Francesco di Paola e l’annesso Convento dei Minimi furono costruiti nel 1705 dall’Ordine dei Padri Minori, chiamato anche “Paolotti”. Recentemente restaurato dal Comune di Siracusa con fondi europei, è stato scelto come la nuova sede dell’Istituto nella primavera del 2010. La cerimonia d’inaugurazione si è svolta il 4 dicembre 2010. Gli edifici furono confiscati dallo Stato dopo la legge italiana del 1866 che decretava la soppressione degli ordini religiosi. Il convento fu assegnato alla città che lo trasformò in una scuola pubblica. La Chiesa, tuttavia, rimase aperta al culto. Negli anni venti, la città fece un baratto: diede la Chiesa del Pantheon alla Curia di Siracusa in cambio della Chiesa di San Francesco di Paola, che fu aggiunta alla scuola. I lavori di restauro sono iniziati circa ottanta anni dopo. La struttura del convento fu ben preservata, ma non rimase molto della chiesa ad eccezione dei due altari laterali, che erano adornati con sculture in gesso, probabilmente della scuola di scultura di Serpotta. Il cortile interno del convento presenta un passaggio sotterraneo che conduce al mare. Il tunnel – chiamato Ipogeo di San Filippo – ha vestigia sovrapposte di epoca classica, ebraica e cristiana, risalenti a tremila anni fa. Durante la seconda guerra mondiale, l’Ipogeo serviva da rifugio antiaereo.
L’Istituto ha una biblioteca specializzata che comprende una raccolta di oltre 24.000 volumi e ristampe in diritto penale internazionale, procedura penale internazionale, diritti umani e piccole raccolte di libri di diversi paesi di diritto penale, procedura penale e criminologia.
Il catalogo della biblioteca è computerizzato per un facile recupero delle informazioni. La collezione è divisa all’interno di cinque sale poste al piano terra della sede dell’Istituto. La biblioteca è aperta agli ospiti esterni durante gli orari di apertura dell’Istituto. Alle persone con un interesse di ricerca può essere concesso l’accesso alla biblioteca presentando prima una richiesta scritta, specificando il contenuto della propria ricerca e allegando il proprio CV.